西暦2020年。 ネットワークは今や人間の生活にとってなくてはならないものとなった。 だが人間は知らない。 ネットワークの向こう側、無限の世界・デジタルワールドと、 そこに住むデジモン達がいることを・・・ 首都圏を中心に大規模なネットワーク障害が発生する。 めちゃくちゃに明滅する信号や、文字化けした屋外ビジョン。 サイバーテロだと報じるニュース。 主人公は東京近郊のタワーマンションに住む小学5年生の八神太一。 週末のサマーキャンプの準備をするために一人で家に残っていたが、 渋谷へ出かけた母と妹のヒカリが停車出来なくなった電車に乗り込んでいた。 母と妹を助けるために渋谷へと急ぐ太一だが、駅のホームに向かうその瞬間―― 「選ばれし子供たち」に不思議な現象が起き、太一はデジタルワールドへ! 子供たちはパートナーのデジモンと出会い、 未知なる“アドベンチャー”に立ち向かう！

进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。 科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。 希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前， 随着咔哒咔哒的木屐响声，鬼太郎来到了…。

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相......